Isso mesmo, é possível ter o registro de dois pais na certidão. 

É o que se conhece como multiparentalidade e leva em consideração o estabelecimento de vínculo socioafetivo do filho com mais de um pai, por exemplo. 

Vale esclarecer que a multiparentalidade gera todos os efeitos da filiação para os envolvidos, como o direito à herança e à pensão por morte.