A resposta é não! A empresa não pode mandar, como castigo, um funcionário de volta pra casa, para poder descontar o dia inteiro de trabalho, independentemente do tempo do atraso.
Portanto, mesmo chegando atrasado, o funcionário deverá trabalhar normalmente, tendo descontado do salário apenas o período do atraso.
Lembrando que se o atraso for de até 5 minutos não poderá ser descontado.