Para responder a esta pergunta, antes precisamos entender por que que a empresa é obrigada a pagar pelo vale transporte.

Todo tipo de despesa que o funcionário tenha para ter que trabalhar, a empresa deve indenizar esse funcionário. Logo, é por isso que ela paga o deslocamento dele para o trabalho.

Então, se naquele dia ele não foi trabalhar, mesmo que não tenha sido por culpa dele por doença, a empresa também não é obrigada a pagar pelo vale transporte. E, na prática, o que ela faz é depositar só a diferença, no mês seguinte.